El General Urquiza estableció su campamento en Ludueña y el General Mitre concentraba su ejército en San Nicolás. El 5 de Octubre empieza la pelea con el bombardeo que la escuadra de Buenos Aires dirige contra la ciudad de Rosario, pero las baterías de tierra obligan a las naves a retirarse, seriamente dañadas. El 23 de Octubre de 1859 Mitre frente a sus tropas compuestas por 10.000 hombres acampó en la Cañada de Cepeda, donde chocan los ejércitos.
La caballería de Urquiza arrolló a la vanguardia porteña en la primera carga. Urquiza cruza el Arroyo del Medio y al atardecer se libra sangrienta batalla que terminó al llegar la noche. Mitre se retiró hacia San Nicolás donde embarcó sus tropas hacia Buenos Aires.
Urquiza, con una fuerza inferior lanzó un duro ataque y puso en fuga a la caballerìa porteña. Mitre derrotado, dejó dos mil prisioneros, 20 piezas de artillería, bagajes , gran cantidad de cabalgaduras y se embarcó en San Nicolás para regresar a Buenos Aires, hacia donde avanzó Urquiza, pero como quería la unión de los argentinos y buscaba la paz, en la localidad de “San José de Flores”, firmaron un Pacto, el 11 de Noviembre
Terminando el período en el año 1860 le sucede a Urquiza en la presidencia el Dr. Santiago Derqui; siendo electo gobernador de Buenos Aires, Mitre, a quien Derqui nombra Brigadier General el mismo día que jura la nueva Constitución. Mientras entrega la cartera de gobierno a Domingo Faustino Sarmiento. Entre tanto el gobierno de Paraná languidecía, buscando Buenos Aires un pretexto para declarar la guerra, encontrándolo al practicar las elecciones; esta provincia las realiza de acuerdo a la Constitución de Buenos Aires y no con la de la Confederación. Los diputados se presentan en Paraná en Abril de 1861 y como era natural, sus diplomas fueron rechazados, obligando a practicar las elecciones según la ley nacional; el gobernador de Buenos Aires no cumplió el mandato del Ejecutivo Nacional y el Congreso, considerando este proceder como un acto de rebeldía, dictó la ley del 5 de Julio por la que declaraba que la provincia de Buenos Aires había roto los pactos de Noviembre y de Junio, autorizando al Ejecutivo para intervenir en ella y declarándola en estado de sitio. Se encomendó a Urquiza la formación de un ejército, contra el cual opuso Mitre el de la provincia de Buenos Aires. (Pérez A. T.4.p.64).